新冠病毒基因自動化鑒定云平臺VIC

新冠病毒基因自動化分析、快速鑒定。

7.6.2解決方案及特色

VIC 平臺實現(xiàn)了從病毒組基因組測序到基因組拼接與鑒定的“一鍵式”自動化服務(wù)，極大簡化了操作流程。各醫(yī)院只需上傳病例原始數(shù)據(jù) 至 VIC 平 臺 （ http://www.biosino.org/vic/ 和http://hvic.biosino.org/），即可觸發(fā)病毒基因分析流程，并獲得該病例的全基因組分析結(jié)果。VIC 得到華為云容器平臺強大計算能力的支持，可提供高通量多樣本并行云端分析能力。分析結(jié)果不僅能為全面分析患者的呼吸道病毒組、研究其致病因子提供支撐，亦可助力臨床診斷，為采用相應(yīng)的治療措施提供參考，同時還可監(jiān)測病毒變異趨勢，便于提前做出應(yīng)對措施。

圖 7-2 病毒鑒定的技術(shù)處理流程

7.6.3應(yīng)用與效果

2 月 10 日，中國科學(xué)院上海營養(yǎng)與健康研究所、中國科學(xué)院上海巴斯德研究所共同開發(fā)，華為提供云計算技術(shù)支撐的病毒基因組自動化鑒定云平臺（Virus Identification Cloud， VIC）在華為云正式上線。

該平臺直接對接人體樣本的 RNA 二代測序原始數(shù)據(jù)，具有對數(shù)據(jù)全自動質(zhì)量控制、拼接和病毒組成分析等功能，實現(xiàn)了快速檢測樣本中可能存在的包括新冠病毒在內(nèi)的各種病毒，并在線分析其相對載量。

7.6.4產(chǎn)學(xué)研結(jié)合情況及效果

VIC 由中國科學(xué)院上海巴斯德研究所大數(shù)據(jù)平臺設(shè)計，由中國科學(xué)院上海營養(yǎng)與健康研究所生物醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)中心開發(fā)、運維并提供技術(shù)支撐，由華為云基因容器提供云服務(wù)技術(shù)支撐。

VIC 平臺只作為一個計算平臺，所有的數(shù)據(jù)權(quán)利屬于數(shù)據(jù)提供方， 平臺不使用用戶數(shù)據(jù)去發(fā)表任何科研論文。疫情期間，VIC 面向科研用戶免費開放。

目前，上海市公共衛(wèi)生臨床中心，上海交通大學(xué)醫(yī)學(xué)院附屬瑞金醫(yī)院、中國科學(xué)院廣州生物醫(yī)藥與健康研究院作為平臺的首批用戶， 已在 VIC 上完成了批量新冠肺炎患者樣本的基因組原始測序數(shù)據(jù)分析。